Το αρχαίο του όνομα «θύμος» προέρχεται από το ρήμα «θύω» (θυσιάζω), πράγμα που δικαιολογείται μιας και ανάμεσα στο θυμιάματα που έκαιγαν στους βωμούς, ως προσφορά στους θεούς, στην αρχαιότητα ήταν και τα φρέσκα κλαδιά από θυμάρι. Σύμφωνα με τον μύθο, το θυμάρι γεννήθηκε από τα δάκρυα της Ωραίας Ελένης.

Από την εποχή του Ομήρου, αποτελούσε σύμβολο της δύναμης και της ανδρείας. Οι φτωχοί στην αρχαία Ελλάδα έτρωγαν ένα δυναμωτικό μείγμα από θυμάρι, μέλι και ξίδι ενώ οι ηλικιωμένοι κατανάλωναν μεγάλες ποσότητες «τσαγιού» από θυμάρι για να τονώσουν τη λειτουργία του μυαλού τους.

Οι Ρωμαίοι στρατιώτες έκαναν μπάνιο σε νερό αρωματισμένο με θυμάρι ώστε να αποκτήσουν σφρίγος και ενεργητικότητα. Ο Μέγας Αλέξανδρος το χρησιμοποιούσε στις εκστρατείες του κατά των ψειρών. Τον 16ο αιώνα, οι γυναίκες προσέφεραν στους αγαπημένους τους σούπα με τριμμένο θυμάρι και μπίρα ως αφροδισιακό. Την ίδια εποχή, χρησιμοποιούσαν το θυμάρι κατά της μελαγχολίας, γεμίζοντας τα μαξιλάρια του ασθενούς με θρυμματισμένο θυμάρι.

Για αιώνες, αν όχι για χιλιετίες, τα εκχυλίσματα και διάφορα άλλα παρασκευάσματα με βάση το θυμάρι χρησίμευαν για τη θεραπεία ασθενειών από το κοινό κρύωμα μέχρι τις επιληπτικές κρίσεις ενώ τα πτητικά αιθέρια έλαια στο θυμάρι έχουν πιστοποιημένες αντιπαρασιτικές, αντισηπτικές, αντιμυκητιασικές, αντικαρκινικές και αντιρευματικές ιδιότητες.